Según lo expuesto, siempre sucede que la molécula real, descrita mediante un híbrido de resonancia, tiene una estabilidad mayor que la que puede calcularse o atribuirse a cualquiera de las estructuras con que se formula. Por ello, una forma de medir la estabilidad de la molécula es mediante la llamada energía de resonancia, que se puede definir como la diferencia de energía entre la real de la molécula, medida experimentalmente y la calculada para la más estable de sus fórmulas canónicas.

Por ejemplo, en la acroleína, la energía que se puede calcular para las tres estructuras 9, 10 y 11 es E9, E10 y E11, mientras que el valor que se puede medir experimentalmente (mediante medidas calores de combustión o de hidrogenación) es EM. Como E9 es el menor de los tres valores E9, E10 y E11, la energía de resonancia o deslocalización, ER, es, por definición:

ER = E9 - EM

Las energías de resonancia o deslocalización suelen tener valores relativamente pequeños, aunque hay casos en que pueden llegar al orden de magnitud de las energías de enlace. El benceno, que según método de la resonancia se describe como un híbrido entre dos estructuras de Kekulé tiene una energía de resonancia de 152 kJ/mol.